CASAFE es liderada por una Comisión Directiva, cuyos miembros se renuevan cada dos años y está encabezada por un Presidente cuyo mandato tiene una duración máxima de dos años.
Las tareas se agrupan en diversas Areas de Trabajo, cada una de las cuales está coordinada por un miembro de la Comisión Directiva.
Para su gestión interna, CASAFE cuenta con un Director Ejecutivo que asistido por un equipo técnico y administrativo, es el responsable de implementar las políticas y decisiones originadas en la Comisión Directiva.